(clicca sulla "S" per la cartina della rete completa delle linee S, aggiornata al 2016)

La rete delle linee S è costituita da dieci linee suburbane che collegano la città di Milano coi comuni limitrofi in provincia e fuori provincia, come Varese, Saronno o Novara.

Il sistema delle linee S nasce il 12 dicembre 2004 con l'apertura della stazione del Passante Ferroviario di Porta Vittoria: in questo modo, la maggior parte delle linee ferroviarie che si riconoscono sotto questa denominazione, passa al di sotto della città di Milano raggiungendo le stazioni di Porta Vittoria, Dateo, Porta Venezia, Repubblica, Garibaldi, Lancetti e Bovisa.

> Linea S1: Saronno - Bovisa - Milano Rogoredo - Lodi

> Linea S2: Seveso - Affori - Bovisa - Milano Rogoredo

> Linea S3: Saronno - Bovisa - Cadorna FN

> Linea S4: Meda/Camnago - Seveso - Cadorna FN

> Linea S5: Varese - Gallarate - Certosa - Milano Porta Vittoria - Treviglio

> Linea S6: Novara - Certosa - Milano Porta Vittoria - Treviglio (solo alcune corse)

> Linea S8: Lecco - Milano P.ta Garibaldi

> Linea S9: Albairate Vermezzo - Saronno

> Linea S11: Chiasso - Milano P.ta Garibaldi

> Linea S13: Milano Bovisa - Pavia